工厂被收购时，部分特殊情况会影响员工赔偿处理：1.员工自愿离职：收购后员工因个人原因自愿离职，且未与新单位就经济补偿达成协议，根据法律规定无法获得经济补偿金，直接影响赔偿获取。2.原合同继续履行且年限连续计算：依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，用人单位合并或分立时原劳动合同继续有效，新单位继续履行且员工工作年限连续计算的，因未解除劳动合同，员工无法获得赔偿，劳动关系正常延续。3.新单位违法解除合同：收购后新单位无合法理由单方解除劳动合同的，员工可要求支付赔偿金（经济补偿金的二倍），赔偿金额会增加一倍。
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工厂被收购后员工赔偿计算，需结合是否解除劳动合同等情形：1.未解除合同：新单位继续履行原劳动合同，员工工作年限、工资待遇不变，无需支付赔偿，劳动关系正常延续。2.协商解除或客观情况变化：新单位与员工协商一致解除，或因收购导致原合同无法履行（客观情况重大变化），用人单位应按《劳动合同法》第四十七条支付经济补偿金。3.违法解除合同：新单位无合法理由单方辞退员工（违法解除终止合同），员工可要求支付赔偿金，标准为经济补偿金的二倍。
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工厂被收购后，员工赔偿存在以下法律风险：1.经济补偿金计算不准确：员工月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍时，若新单位按实际工资计算，员工多获部分可能需返还；若未按法定标准计算，员工会面临经济损失。例如，某地区社平工资5000元，员工月工资20000元（高于三倍15000元），新单位按20000元计算5年补偿为100000元，法定应为15000×5=75000元，多获25000元可能需返还。2.证据链不完整：员工无法提供劳动合同、工资条等证明劳动关系和工资标准的证据，发生赔偿争议时，因无法证明主张可能无法获得赔偿。如员工仅口头说明工作8年，无入职登记表、社保记录等书面证据，新单位否认时，赔偿主张难获支持。
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工厂被收购后员工赔偿的法律依据主要为《中华人民共和国劳动合同法》：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条（2012年修正版）：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。”结合收购情况，若导致劳动合同解除，员工赔偿以工作年限为基础计算：工作5年、月平均工资8000元（未高于社平三倍）的员工，经济补偿金为5×8000=40000元；若月工资高于社平三倍，则按三倍封顶计算，且年限不超过12年。

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