针对您提出的问题，如果员工离职时被扣除的工资超过了当月工资的20%，这是不合法的。根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位在扣除劳动者工资时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若用人单位违反了这一规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
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除了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失可以扣除工资外，一般情况下，用人单位扣除员工工资需遵循严格规定。但具体其他合法扣除情形需参考相关法律法规及劳动合同约定。若无法确定，建议咨询专业律师或查阅相关法律法规。
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从法律角度，员工离职时可通过以下方式确保工资不被非法扣除：1. 仔细审查劳动合同中关于工资扣除的条款；2. 离职前与用人单位核对工资及扣款情况；3. 如遇非法扣款，及时收集证据并向劳动监察部门投诉；4. 必要时，寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

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