公司扣未达应出勤天数工资，特殊情况或例外情形会影响处理：
1、员工严重失职致重大损失：若员工因严重失职未达出勤天数且造成重大经济损失，公司可依法要求赔偿，从工资中扣除赔偿费用。此时扣除比例和条件需遵循“每月不超当月工资20%，且扣除后不低于最低工资标准”，但更侧重员工过错程度和损失大小。
2、员工同意扣除作为赔偿：若员工未达出勤天数确实造成损失，且员工本人同意从工资中扣除相应金额作为赔偿（约定不违反法律，如扣除比例、最低工资标准），则合法。协商一致是关键，公司需保留员工同意扣除的书面证据，避免纠纷。
3、特殊行业或岗位出勤要求：医疗、交通等特殊行业或岗位对出勤要求严格，未达出勤天数可能影响工作运转或公共利益。公司在合法前提下，可在规章制度中对这类岗位的出勤及工资扣除做更细致规定，处理时需结合行业特性和岗位要求判断合理性。
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公司扣未达应出勤天数工资，存在以下法律风险点（举例说明）：
1、扣除无合法依据的风险：若公司扣工资无劳动合同约定或合法有效的规章制度依据，即属无故克扣。例如，员工突发疾病请假未获批准而缺勤，公司无协商或规定直接扣工资，员工可要求返还，公司还可能被劳动监察处罚。
2、扣除金额超法定限度的风险：即使有合法依据，若每月扣除超员工当月工资20%，或扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，也违法。比如，员工月工资5000元，公司扣除1200元（超20%的1000元），超部分200元扣除违法，员工有权要求返还。
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公司扣未达应出勤天数工资是否合理，需结合具体情况判断（不同情形分析）：
1、员工因个人原因（如事假、旷工）未达出勤天数，且劳动合同或公司合法规章制度明确约定扣除标准，公司按约定扣除通常合理。例如，事假无工资，旷工按日工资倍数扣除（但扣除后不低于最低工资标准）。
2、公司无约定或法定理由，仅以未达出勤天数随意扣除，或扣除金额超法定限度（如每月超当月工资20%，或扣除后低于当地最低工资标准），则扣除行为不合理，员工有权要求返还。
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公司扣未达应出勤天数工资是否合理，可依据法律法规判断：
根据《工资支付暂行规定》第十六条（1994年发布）：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，赔偿可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超当月工资20%，扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准的，按最低工资支付。”同时，《劳动法》第五十条规定：“工资应以货币形式按月支付，不得克扣或无故拖欠。”
若员工未达出勤天数系本人原因（如旷工）致公司损失，公司按合同约定扣除工资，且扣除超20%部分或扣除后工资不低于最低工资标准，则扣除合法；反之，无合法依据或违反扣除比例、最低工资标准要求，扣除违法。

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